Perkembangan STIM YKPN tidak bisa terlepas dari sejarah Akademi Manajemen Perusahaan Yayasan Keluarga Pahlawan Negara (AMP YKPN). AMP YKPN merupakan lembaga pendidikan tinggi ketiga di lingkungan YKPN Yogyakarta yang kemudian berkembang menjadi STIM YKPN. AMP YKPN didirikan pada tanggal 1 Januari 1976 dan bertempat di Balai RK Surokarsan Yogyakarta.
Pada tahun 1977 AMP YKPN dengan program Sarjana Muda Manajemen Perusahaan memperoleh status Terdaftar dan bersamaan dengan diperolehnya status tersebut, kegiatan perkuliahan dipindahkan ke Kampus Balapan (pusat pendidikan YKPN). Seiring dengan semakin baiknya penyelenggaraan proses belajar mengajar dan semakin lengkapnya fasilitas pendukung yang disediakan, pada tahun 1985 status terdaftar berubah menjadi Diakui.
Pada tahun 1991, AMP YKPN memperoleh status Disamakan berdasarkan SK Mendikbud Nomor: 0636/0/1991. Seiring dengan perkembangan kegiatan akademik yang sangat pesat, mulai tahun 1992 AMP YKPN merintis pembangunan Kampus Baru di Jalan Palagan Tentara Pelajar Km. 7 Yogyakarta, selanjutnya disebut Kampus Palagan. Kegiatan akademik secara berangsur-angsur dipindahkan ke Kampus Palagan mulai bulan Februari 1994. Acara “bedhol kampus” dilaksanakan pada tanggal 16 Januari 1996 yang ditandai dengan peresmian Kampus Palagan (dalam kondisi 70%) oleh Pelindung YKPN, yaitu Sri Sultan Hamengku Buwono X. Kampus ini menempati lahan seluas 20.000 m2 dan pembangunan prasarana fisiknya terus dilaksanakan sesuai dengan perkembangan AMP YKPN.
Pada tahun 2002, AMP YKPN memperoleh akreditasi peringkat B dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Penilaian ini dinyatakan dalam SK 003/BAN-PT/Ak-I/Dpl-III/IV/2002 yang dikeluarkan pada tanggal 4 April 2002. Penilaian oleh BAN PT merupakan penilaian mutu oleh badan independen atas mutu proses pembelajaran di sebuah perguruan tinggi.
Dengan dasar pengalaman mengelola perguruan tinggi yang berkualitas dan diakui oleh pihak luar tersebut AMP YKPN berkembang menjadi STIM YKPN (Sekolah Tinggi Ilmu Manajemen Yayasan Keluarga Pahlawan Negara) berdasar Surat Keputusan Mendiknas No. 1976/D/O/2005 dan Surat Keputusan YKPN No. 001/YKPN/I/2006 tentang Perubahan Bentuk Akademi Manajemen Perusahaan menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Manajemen Program Diploma (D III) dan Pembukaan Program Studi Manajemen Program Sarjana (S1) Yayasan Keluarga Pahlawan Negara Yogyakarta tertanggal 1 Januari 2006.
Berdasar Surat Keputusan Mendiknas No. 176/D/O/2005 dan Surat Keputusan YKPN No.
001/YKPN/I/2006 tersebut, STIM YKPN memiliki dua program dan jenjang studi yaitu:
1. Program studi Manajemen, jenjang studi Strata 1 (S1)
2. Program studi Manajemen Perusahaan, jenjang studi Diploma III (D III)
Perkembangan ini menuntut STIM YKPN lebih berperan dalam mencerdaskan bangsa dan menghasilkan lulusan yang dipercaya oleh masyarakat.
Pada reakreditasi tahun 2014, program studi Manajemen Perusahaan (D III) memperoleh akreditasi peringkat B dari BAN-PT sebagaimana tertuang dalam Surat Keputusan No. 390/SK/BAN- PT/Akred/Dpl-III/x/2014 tentang Status, Peringkat, dan Hasil Akreditasi Program Diploma di Perguruan Tinggi. Program studi Manajemen (S1) memperoleh izin operasional tetap pada tahun 2008 berdasar Surat Keputusan Dirjen Dikti. No. 4711/D/T/2008 dan memperoleh akreditasi peringkat B dari BAN PT sebagaimana tertuang dalam Surat Keputusan No. 002/BAN-PT/AK- XIV/V/2011 tentang Status, Nilai, Peringkat, dan Masa Berlaku Hasil Akreditasi Program Sarjana di Perguruan Tinggi. Pada tahun 2016 kembali memperoleh akreditasi peringkat B dari BAN PT sebagaimana tertuang dalam surat keputusan No. 0003/SK BAN PT/Akred/S1/1/2016 tentang Status, Nilai, Peringkat, dan Masa Berlaku Hasil Akreditasi Program Sarjana di Perguruan Tinggi. STIM YKPN pada tahun 2018 memperoleh akreditasi institusi peringkat B sebagaimana tertuang dalam surat keputusan No. 47/SK/BAN-PT/Akred/PT/III/2018.
Untuk meningkatkan mutu pendidikan, STIM YKPN menjalin berbagai kerja sama baik dengan instansi pemerintah maupun instansi swasta. Kerja sama ini dimaksudkan untuk meningkatkan kualitas dosen, mahasiswa, dan lulusan. Kerja sama tersebut diwujudkan dalam bentuk penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, konsultasi manajemen, kerja praktik, dosen tamu, dan lain-lain.
Sampai saat ini, STIM YKPN memiliki 20 dosen tetap dengan kualifikasi 19 orang telah berpendidikan Master/Magister, dari jumlah tersebut 4 diantaranya sedang menempuh pendidikan jenjang S3. Dari keseluruhan dosen tersebut sebanyak 19 telah berhasil mendapat sertifikasi dosen (tersertifikasi). Selain pengembangan pendidikan melalui jalur formal, STIM YKPN juga mengembangkan dosen melalui jalur informal, misalnya short course, workshop, seminar, penelitian, maupun studi banding ke beberapa perusahaan.
Dalam kurun waktu 42 tahun, STIM YKPN telah mengalami beberapa kali pergantian pemimpin. Direktur (sebutan pimpinan sebuah Akademi) pertama dijabat oleh Drs. Noegroho Boedijoewono (1976-1985), Direktur kedua Drs. Surahya (1985-1985), Direktur ketiga Drs. Kasmurdiyanto (1985- 1992), Direktur keempat Drs. Bambang Susilo D., M.M. (1992-2000), Direktur kelima Drs. Sutaryono,
M.M. (2000-2001), Direktur keenam Drs. Gunawan Adisaputro, M.B.A. (2001-2002), Direktur ketujuh Dra. Any Agus Kana, M.M. (2002-2004), Direktur kedelapan Drs. Bambang Susilo D. M.M. (2004- 2005). Ketua (sebutan pimpinan sebuah Sekolah Tinggi) dijabat oleh Drs. Bambang Susilo D., M.M. (2005-2008). Ketua kedua dijabat oleh Dra. Ralina Transistari, M.Si. (2008-2012). Ketua ketiga Dra. Retno Hartati, M.B.A. (2012-2016). Ketua keempat Dr. Bambang Susilo D., M.M. (2016-2020)
